marimo.coreg

import%20marimo%0A%0A__generated_with%20%3D%20%220.18.3%22%0Aapp%20%3D%20marimo.App(width%3D%22medium%22)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20import%20marimo%20as%20mo%0A%20%20%20%20from%20ipyniivue%20import%20NiiVue%2C%20ShowRender%0A%20%20%20%20import%20ipywidgets%20as%20widgets%0A%20%20%20%20return%20NiiVue%2C%20ShowRender%2C%20mo%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%20Coregistration%20Images%0A%0A%20%20%20%20We%20often%20need%20to%20verify%20that%20two%20images%20have%20been%20successfully%20warped%20into%20a%20common%20anatomical%20space.%20In%20this%20example%2C%20we%20load%20a%20background%20T1-weighted%20template%20representing%20the%20average%20brain%20shape%20of%20152%20healthy%20young%20adults%20(displayed%20in%20grayscale).%20On%20top%20of%20this%2C%20we%20overlay%20a%20T2-weighted%20scan%20from%20a%20stroke%20patient%20that%20has%20been%20aligned%20to%20the%20template%20using%20ANTs%2C%20shown%20with%20the%20%5BNavia%5D(https%3A%2F%2Fwww.fabiocrameri.ch%2Fcolourpalettes%2F)%20colormap%20(initially%20transparent).%20Finally%2C%20we%20add%20a%20red%20%5BDifference%20of%20Gaussian%5D(https%3A%2F%2Fpubmed.ncbi.nlm.nih.gov%2F38508496%2F)%20outline%20of%20the%20spatially%20normalized%20T2w%20image.%20The%20sliders%20allow%20you%20to%20adjust%20the%20opacity%20of%20each%20layer.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(NiiVue%2C%20ShowRender%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20nv%20%3D%20NiiVue(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20back_color%3D(0%2C%200%2C%200%2C%200)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20show_3d_crosshair%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20multiplanar_show_render%3DShowRender.ALWAYS%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20nv.load_volumes(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7B'url'%3A%20'https%3A%2F%2Fniivue.github.io%2Fniivue-demo-images%2Fmni152.nii.gz'%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7B'url'%3A%20'https%3A%2F%2Fniivue.github.io%2Fniivue-demo-images%2FM2208_T2w.nii.gz'%2C%20'colormap'%3A%20'navia'%2C%20'opacity'%3A%200.0%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7B'url'%3A%20'https%3A%2F%2Fniivue.github.io%2Fniivue-demo-images%2FM2208_dog.nii.gz'%2C%20'colormap'%3A%20'actc'%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D)%0A%0A%20%20%20%20%23%23%20User%20interface%0A%0A%20%20%20%20slider_template%20%3D%20mo.ui.slider(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20start%3D0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20stop%3D1%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20step%3D0.1%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3D1.0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20show_value%3DFalse%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Template%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20on_change%3Dlambda%20v%3A%20setattr(nv.volumes%5B0%5D%2C%20%22opacity%22%2C%20v)%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20slider_coreg%20%3D%20mo.ui.slider(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20start%3D0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20stop%3D1%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20step%3D0.1%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3D0.0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20show_value%3DFalse%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Coreg%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20on_change%3Dlambda%20v%3A%20setattr(nv.volumes%5B1%5D%2C%20%22opacity%22%2C%20v)%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20slider_outline%20%3D%20mo.ui.slider(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20start%3D0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20stop%3D1%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20step%3D0.1%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3D1.0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20show_value%3DFalse%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Outline%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20on_change%3Dlambda%20v%3A%20setattr(nv.volumes%5B2%5D%2C%20%22opacity%22%2C%20v)%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20def%20save_bitmap(_)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20nv.save_scene(%22coreg.png%22)%0A%0A%20%20%20%20button%20%3D%20mo.ui.button(label%3D%22Save%20Bitmap%22%2C%20on_click%3Dsave_bitmap)%0A%0A%20%20%20%20%23%23%20Display%20user%20interface%20and%20volumes%0A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%5Bslider_template%2C%20slider_coreg%2C%20slider_outline%2C%20button%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20nv%2C%0A%20%20%20%20%5D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0Aif%20__name__%20%3D%3D%20%22__main__%22%3A%0A%20%20%20%20app.run()%0A

niivue marimo examples

Demo: coreg

← Prev Index Next →